PPP，是政府和社会资本合作模式（Public-Private Partnership）的简称，是近年来比较热门的一种项目运营模式，多用于基础设施及公用事业的投资建设。其中，BOT（建设-运营-移交）是最普遍采用的一种方式。PPP项目由于投资大、周期长、环节众多、关系复杂，面临着诸多问题，税收问题就是其间的一大难点。由于我国目前没有专门针对PPP的税收法律法规，且PPP模式本身具有一定的特殊性，使得实践中PPP的涉税问题状况迭出，引发了普遍的关注。
一是项目公司取得的政府付费部分的税率适用问题。项目公司取得的收入主要来源于使用者付费和政府付费。使用者付费是指由最终消费用户直接付费购买公共产品和服务。这块的税收处理是比较明确的，按照一般企业销售货物或提供服务处理即可。政府付费，是指政府直接付费购买公共产品和服务，也就是日常所指的可用性服务费和运维绩效服务费。
可用性服务费是政府为购买项目的可用性（符合验收标准的公共产品）而支付的费用，一般在项目完工后由政府按期支付给项目公司。有一种观点认为PPP项目公司相当于总包单位，取得的可用性服务费应该按照建筑业征收11%的增值税；也有的认为在PPP模式下，政府购买的是一种服务，所以对项目公司来说，应该按照服务业征收6%的增值税；还有的认为可用性服务费覆盖了很多内容，不单有材料采购和建筑安装成本，还包含了建设期利息、设计费、监理费、预备费等相关费用，应该区分不同性质的费用分别适用不同税率，如果项目公司不能准确划分或核算各项收入的，一律从高适用征收率或者税率。个人认为，项目公司本质上提供的还是建筑施工，PPP模式改变的仅仅是管理方式和融资模式，所以在现阶段按照建筑业11%征税是比较妥当的处理方法。
运维绩效服务费是指政府为获得项目资产的管理和维护服务所支付的费用。那么运维服务费中既可能涉及建安服务，也有可能涉及管理服务等其他服务。是否需要区分收入性质分别予以核算，都是目前没有明确的事情。
二是能否取得合规的发票和凭证问题。由于PPP基本上涉及的是公共交通、公用设施、社会公共服务等领域的项目，在一定程度上，社会资本代行了政府的社会公共管理职责，这就引发了能否取得进项发票进行抵扣、能否取得合规凭证进行所得税前扣除的问题。比如在存量项目中，项目公司从政府或相关部门处只能取得行政事业单位收据；在征地拆迁中，项目公司从市民个人处只能取得一些“白条”，而此类费用又往往数额较大，对社会资本方来说，这就形成了一大笔额外的、不合理的成本损失。
三是进项税额的抵扣问题。PPP项目周期可分为项目公司成立、建设、运营、移交四个阶段。在建设期内，项目公司一方面没有任何运营收入，所以没有销项税额；另一方面，从施工方或其他相关企业处取得了大量的进项税额，长时期内无法进行抵扣。这就产生了两个问题：一是进项税额引起的大量的资金占用问题；二是进项税额在周期结束时仍不能完全抵扣的问题，都增加了企业的实际税负和资金成本，最终降低了项目公司的投资回报率。对于进项税额的抵扣问题，处理方式可以考虑以下两种：一是在项目初期就选择放弃抵扣而将相关进项税额计入成本费用；二是对于项目周期结束时尚无法抵扣的进项进行退税或转移，但在我国目前的税法框架下，对于这些处理方式都是没有明确规定的，那么就给社会资本方埋下了税收风险的隐患。
四是优惠政策的享受问题。PPP项目主要是为了促进公共基础设施建设和提供公共服务产品，多集中于能源、交通运输、市政工程等公共服务领域。根据企业所得税法相关规定，PPP中的公共基础设施项目能够享受企业所得税三免三减半的优惠。但由于PPP项目生命周期漫长，建设期纯支出无收入，处于年年亏损的状态，而等到建设期结束，能够取得一定收入了，五年的亏损弥补期和三免三减半优惠期同时光临，所谓的减免优惠实际上是享受不了多少的。再到增值税，PPP项目中的节能环保项目可以享受到免征、即征即退等各项优惠政策，以垃圾处理、污水处理劳务为例，一方面项目公司在运维期取得的运营收入是免征增值税的，另一方面项目公司在前期支付的大量进项税额还在等待运维期时的抵扣，这些都影响了项目公司实际享受税收优惠，从而违背了政府通过税制安排来促进公共基础设施建设和推进环保节能项目的本意。
五是项目主体变更引起的税收问题。以BOT为例，在该种模式下，根据发改的立项批复，一般由政府作为项目法人，而在项目进入建设运营时，为了控制项目风险或出于其他考虑，常常会将法人变更为项目公司或将政府与项目公司一并作为项目主体，及至项目移交时又将项目法人变更回政府。从形式上来看，产生了两次的项目资产权属转移，以税收论，自然产生了销售对应的税费，但从实质上看，项目始终归属于政府方，社会资本方只是为政府提供了服务，所以，此处的税费，征还是不征都各有道理，在实践中也是莫衷一是。
六是地方财政补贴中央财政的问题。项目公司取得的政府付费收入，是项目公司经营收入的重要组成部分，需要缴纳增值税，需要进行中央和地方税收分享，那么在政府付费承担增值税费的情况下，就相当于地方财政补贴了中央财政，这与开展PPP模式解决地方政府债务问题，减轻地方政府债务压力的初衷是有所背离的。      
 
日前，在2017第三届中国PPP融资论坛上，财政部副部长、PPP工作领导小组组长史耀斌表示，要配合做好PPP条例等制定工作，统一顶层设计。出台PPP税收政策，制定金融支持政策。这反映了政府通过税收制度配套来推进PPP发展的考量，对于控制PPP运行过程中的税收成本和税务风险，从而吸引社会资本方，促进资本流动都大有裨益。